Hợp tác với tổ chức công đoàn luôn là lĩnh vực hoạt động truyền thống của FES, hơn thế nữa, đây là nhiệm vụ mà FES được các công đoàn Đức uỷ nhiệm. Chính vì vậy, Tổng liên đoàn lao động Việt nam (VGCL) và Công đoàn Công nghiệp là những đối tác đương nhiên trong hoạt động của FES. Các công đoàn Việt nam hiện đang phải đối mặt với một thách thức lớn, đó là xác định vai trò của mình trong nền kinh tế thị trường. Do vậy FES hướng các hoạt động hợp tác vào chủ đề về vị trí của công đoàn trong mối quan hệ giữa các đối tác xã hội và làm thế nào để các công đoàn có năng lực đại diện và bảo vệ quyền lợi của các thành viên.

Ý thức được sự cần thiết của việc nâng cao năng lực của các cán bộ công đoàn cấp cơ sở, dự án „Tập huấn cho cán bộ công đoàn làm giảng viên“ đã tập huấn cho các cán bộ công đoàn để họ có đủ năng lực trình bày cho cho đoàn viên công đoàn về Luật lao động, quyền và nghĩa vụ của người lao động, đàm phán thoả ước lao động tập thể, giải quyết tranh chấp lao động vv.

Trên cơ sở cách tiếp cận „trách nhiệm xã hội của doanh nghiệp“, FES đã có sáng kiến triển khai một dự án liên kết, với sự tham gia của Daimler Chrysler, Công đoàn công nghiệp Việt nam và công đoàn kim khí Đức (IG Metall). Trong khuôn khổ dự án với tên gọi „Change Management“ này, công ty Daimler Chrysler chia sẻ kinh nghiệm về những thách thức đặt ra trong giai đoạn cơ cấu lại doanh nghiệp. Dự án nhằm mục tiêu đưa ra những phương thức để có thể thực hiện thành công quá trình chuyển đổi công ty - một vấn đề rất quan trọng đối với các doanh nghiệp quốc doanh Việt nam trong quá trình tư nhân hoá. Nhằm mục tiêu xây dựng mối quan hệ cân bằng giữa người sử dụng lao động và người lao động, cả đại diện ban lãnh đạo doanh nghiệp lẫn đại diện công đoàn đều cùng tham gia khoá học.